affald danmark er en medlemsorganisation. Det er medlemmerne som bestemmer aktiviteterne og målene for affald danmark. Det har således været afgørende for sammensætningen af affald danmarks medlemskreds, at disse alle er affaldsbehandlingsvirksomheder og både kan og vil lære af hinandens måde at løse sektorens opgaver på. Samtidig er der lagt vægt på at have en smidig og dynamisk organisation, som har let ved at træffe beslutninger.

affald danmark styres af en bestyrelse bestående af lederne for medlemmerne. Denne bestyrelse mødes som udgangspunkt 6 gange årligt og fastlægger rammerne for affald danmarks virke. Det er også bestyrelsen, som nedsætter de permanente arbejdsgrupper og vedtager mandat for større projekter.